Поезд «Енисей» был запущен в декабре 1993 года. Название ему дала одна из крупнейших рек Сибири. В 2005 году на конкурсе в Самаре, проводимом среди фирменных поездов ОАО «РЖД» он оказался лучшим в трех номинациях. В октябре 2007 года его объединили с поездом «Сибиряк», который курсировал из Новосибирска в Москву.
